Prodi Hukum Keluarga Islam awalnya bernama Jurusan Syari’ah dan Ekonomi Islam, merupakan embrio Fakultas tertua di IAIN Pekalongan, dimana keberadaannya adalah warisan dari IAIN Walisongo Semarang sebagai Fakultas Syari’ah cabang di Pekalongan. Secara historis, Fakultas Syariah IAIN Pekalongan semula berasal dari Fakultas Syariah di Bumiayu yang berdiri pada tahun 1968, yang kemudian dinegerikan pada tahun 1970 dan menjadi salah satu fakultas cabang dari IAIN Walisongo Semarang. Pada tahun 1972, berdasarkan SK Rektor IAIN Walisongo No. 11 tahun 1972 tanggal 31 Desember 1972, Fakultas Syariah dipindahkan dari Bumiayu ke Kotamadya Pekalongan sebagai ibukota Karesidenan Pekalongan. 

Dalam perjalanannya, Fakultas Syariah mengalami peningkatan status dari Fakultas Cabang menjadi Fakultas Madya pada tahun 1982. Perubahan status ini memberikan kewenangan yang lebih luas, yakni dari sebelumnya hanya dapat menyelenggarakan pendidikan tingkat Sarjana Muda menjadi memiliki hak penuh membuka program sarjana (S-1). Pada awal penyelenggaraan program S-1 di Pekalongan, dibuka Jurusan Peradilan Agama (Qodlo) yang kemudian diubah menjadi jurusan al-Ahwal al-Syakhshiyyah. Jurusan ini menjadi basis keilmuan dan kurikulum yang relevan dengan praktik hukum keluarga di Indonesia, khususnya dalam lingkup Peradilan Agama.

Saat ini, jurusan al-Ahwal al-Syakhshiyyah telah berevolusi menjadi Program Studi Hukum Keluarga Islam, tetap berada di bawah naungan Fakultas Syariah UIN K.H. Abdurrahman Wahid Pekalongan. Prodi ini telah meraih Akreditasi Unggul berdasarkan SK BAN-PT Nomor 6414/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/S/V/2025. Dengan akreditasi tersebut, HKI menegaskan komitmennya untuk menyelenggarakan pendidikan tinggi yang berkualitas, berorientasi pada keilmuan hukum keluarga Islam, serta menjawab tantangan zaman melalui pembaruan kurikulum dan sinergi dengan pemangku kepentingan, baik di tingkat lokal maupun nasional.

Berikut adalah pengelola Program Studi Hukum Keluarga Islam Fakultas Syariah UIN K.H. Abdurrahman Wahid Pekalongan, pada masing-masing periode: